Como es sabido, no tanto por la normativa vigente, armonizada a nivel comunitario, sino por la interpretación que de la misma hace la Administración, la exención en IVA de las entregas intracomunitarias es víctima del forcejeo entre los requisitos materiales de la exención y el cumplimiento de los deberes formales y, en consecuencia, ha estado y está permanentemente bajo sospecha (e inquina) de la Inspección.
En lo que se refiere al plano material/sustantivo de la exención, el requisito de que el adquirente sea un empresario o profesional se completó en virtud de la reforma del art. 138 Directiva IVA, convirtiendo en requisito sustantivo/material el que anteriormente era un deber formal: la exigencia tanto de identificar al sujeto pasivo en un Estado miembro distinto al del inicio de la expedición como de su comunicación al transmitente. En consecuencia, integran el cuadro de requisitos materiales de la exención por operaciones intracomunitarias la condición de empresario o profesional del adquirente y que éste disponga de un NIF-IVA otorgado por el Estado de destino, debidamente comunicado al proveedor de los bienes.
Pero el orden que más conflictividad ha generado, ya desde la derogada Sexta Directiva IVA, es el del cumplimiento de los deberes formales, concretamente la prueba del transporte.
El TJUE se ha pronunciado profusamente al respecto, pero su doctrina no ha sido asumida correctamente por la Administración española (y, en ciertos extremos, tampoco por los tribunales de justicia). Para el TJUE, sin que quepa discusión acerca de que la exención se encuentra condicionada al transporte físico de los bienes hasta el Estado de destino y que dicha prueba incumbe al proveedor situado en el de origen (por todas, STJUE de 27 de septiembre de 2007, asunto C-409/04, Teleos), lo cierto es que en la evolución de la jurisprudencia el propio Tribunal de Luxemburgo se aprecia una decidida flexibilización de la prueba del porte. A título de ejemplo, tanto en Teleos como en Traum (STJUE de 9 de octubre de 2014, C-492/13) el citado Tribunal concluyó que el art. 138 de la Directiva IVA se opone a que las autoridades del Estado miembro de la entrega obliguen a un proveedor de buena fe y que ha presentado pruebas que justifican a primera vista su derecho a la exención, a pagar luego el IVA cuando aquéllas resulten ser finalmente falsas, pero sin que se haya demostrado la participación del proveedor en el fraude.
Pero es que también en relación con la prueba del transporte se introdujo una reforma con pretensiones de rebajar la conflictividad: el Reglamento de Ejecución 2018/1912 introdujo un nuevo art. 45.bis en el Reglamento de Ejecución 282/2011, formulando una presunción de existencia del transporte a otro Estado miembro siempre que el sujeto pasivo aporte determinadas pruebas tasadas en defensa de su derecho. La nueva norma distingue entre los supuestos en que el transporte se realiza por el vendedor o por su cuenta, de un lado y, de otro, los casos en que es el comprador quien se ocupa de dicho transporte.
En el primer caso, se presume acreditado el transporte en dos supuestos:
1.- Por una parte, si el vendedor puede aportar dos de los siguientes documentos probatorios, que no sean contradictorios entre sí, expedidos por dos partes que no estén vinculadas entre sí ni con el vendedor ni el comprador: los documentos relacionados con la expedición o el transporte de los bienes, tales como una carta o documento CMR firmados, un conocimiento de embarque, una factura de flete aéreo o una factura del transportista de los bienes.
2.- Por otra, también presume el legislador europeo el transporte cuando éste se realiza por el vendedor o por su cuenta si éste aporta uno de los documentos que acabamos de examinar junto con otro de los siguientes, no contradictorio y ambos expedidos por personas no vinculadas entre sí ni con el vendedor ni el comprador:
- una póliza de seguro relativa a la expedición o al transporte de los bienes, o documentos bancarios que prueben el pago de la expedición o del transporte de los bienes,
- documentos oficiales expedidos por una autoridad pública, como un notario, que acrediten la llegada de los bienes al Estado miembro de destino,
- un recibo extendido por un depositario en el Estado miembro de destino que confirme el almacenamiento de los bienes en ese Estado miembro.
Pero la STJUE de 13 de noviembre de 2025, C-639/24, FLO, da un balón de oxígeno a las pocas aristas cortantes que todavía tiene la prueba del transporte, concretamente a los casos en que el contribuyente aporta pruebas distintas a las enumeradas en el transcrito art. 45.bis en el Reglamento de Ejecución 282/2011. A tal efecto, el TJUE reconoce valor probatorio a cualquier documento o evidencia que fortalezca la certeza de que el transporte de la mercancía al país de destino ha tenido lugar. Y se apoya el TJUE en estos cuatro argumentos:
1. En primer lugar, la interpretación literal de la norma, ya que ésta “no enumera de manera exhaustiva los elementos de prueba necesarios para acreditar la existencia de una entrega intracomunitaria” (apartado 16). De ello colige que “cuando no se cumplan los requisitos de aplicación de la presunción, las autoridades tributarias están obligadas a apreciar todo elemento de prueba aportado por el vendedor de los bienes a fin de determinar si éste ha logrado demostrar que dichos bienes han sido objeto de una entrega intracomunitaria”.
2. En segundo término, el criterio de interpretación teleológico, ya que el propio preámbulo de la norma que introdujo la presunción afirma que la finalidad perseguida es la de facilitar la práctica de la prueba (apartado 17).
3. En tercer lugar, si la aportación de unos elementos de prueba distintos a los previstos en el art. 45.bis permitiera, por sí sola, denegar la exención, estaríamos condicionándola a un motivo meramente formal, sin importar si la entrega intracomunitaria se hubiera producido efectivamente. A diferencia de lo que sucede con el NIF/IVA del adquirente, la norma no ha convertido la aportación de los elementos de prueba previstos en el art. 45.bis en un requisito material o sustantivo de la exención.
4. Finalmente, la Sentencia FLO invoca un principio muy similar al español de facilidad probatoria: las autoridades tributarias deben tener en cuenta todos los elementos que obren en su poder que verosímilmente pudieran justificar la existencia de una entrega intracomunitaria (apartado 21).
